23 октября 1943 года приказом Управления Гидрометслужбы Уральского Военного округа на базе метеорологической оперативной группы была создана АМСГ (Аэрометеостанция) 1 разряда с круглосуточным дежурством и штатом в 11 человек. В дальнейшем расширении функций, образованием методической группы, составлением сборных карт по данным МРЛ Уральского региона 1 августа 1975 года АМСГ была реорганизована в авиаметеоцентр (АМЦ). 20 января 1994 года АМЦ вошёл в состав аэропорта «Кольцово».
На сегодняшний день АМЦ ОАО «Аэропорт Кольцово» является одним из наиболее технически оснащенных метеоцентров среди аэропортов РФ, обеспечивающим высокую точность прогнозов погоды, безопасность полетов.
23 июня 2003 года АМЦ получил вторую лицензию Федеральной службы России по гидрометеорологии и мониторингу окружающей среды, которая дает право аэропорту в течение пяти лет готовить и предоставлять прогностическую и аналитическую информацию о состоянии окружающей среды.