Основной трансферный и транзитный пассажиропоток в аэропорту Екатеринбурга сформирован за счет программы перевозки пассажиров внутри страны из восточных регионов России в Москву и Санкт-Петербург, а также путешествий из Китая в европейские столицы (Прага, Париж, Рим). Максимальный рост (62%) зафиксирован на внутренних региональных перевозках с востока страны в южный и центральный регионы России.
Лидером по перевозке трансферных и транзитных пассажиров стала базовая авиакомпании аэропорта Кольцово «Уральские авиалинии». Тройку лидеров вместе с ней составили авиакомпании «Ютэйр» и «Победа». На долю этих трех перевозчиков приходится более 90% пассажиров, которые воспользовались авиагаванью Екатеринбурга в качестве пересадочного узла.
Тройку самых популярных трансферных и транзитных маршрутов 2018 года составили Благовещенск – Екатеринбург – Москва, Пекин – Екатеринбург – Прага и Пекин – Екатеринбург – Санкт-Петербург.