На сегодняшний день обстановка в мире достаточно напряжённая и требует адекватных мер по обеспечению безопасности авиапассажиров. Именно поэтому во избежание проникновения на борт воздушного судна предметов, угрожающих жизни пассажиров и экипажа, с 1 августа 2003 года в «Кольцово» решено досматривать не только ручную кладь вылетающих пассажиров, но и багаж.
Впервые в «Кольцово» были введены в эксплуатацию сканеры в 80-е годы, которые упростили систему досмотра вещей пассажиров. По словам начальника Службы по организации пассажирских перевозок ОАО «Аэропорт Кольцово» Алексея Кондакова, «раньше из-за отсутствия необходимого оборудования процедура проверки была довольно трудоёмкой. Каждый вылетающий должен был показать содержимое своей ручной клади сотруднику службы безопасности аэропорта. Это занимало довольно много времени и причиняло неудобства пассажирам». Сегодня процесс досмотра стал менее трудозатратным, но более эффективным.
По данным Службы авиационной безопасности за 9 месяцев 2003 года было досмотрено багажа (на вылет) 119 879 шт. (за такой же период 2002 года 95 655 шт.). Обнаружено и изъято 79 шт. различного оружия (в 2002 году – 67).